生於一九一六年，自小體弱多病，家人將他送到寺廟後，身體即逐漸好轉。九歲皈依佛門，接受了嚴格正規的佛學教育，十六歲時進入四川重慶漢藏教理院學習西藏文，並擔任佛教界泰斗太虛大師的秘書。一九三七年隻身赴西藏，訪求藏傳佛教密法。在入藏途中，經歷了種種險難，憑著求法若渴之心以及驚人的意志力，而得以一一克服。在西藏哲蚌寺學習時，除了精通藏傳佛教五部大論，並先後遍訪了一百多位康藏地區的高僧大德，接受了六百多次密教各派的傳法灌頂。經過七年的刻苦學習及辯經考驗後，於一九四五年通過辯經考試，成為第一個獲得藏傳佛教最高學位──拉然巴格西的漢人。

一九四五年，邢肅芝攜帶大量珍貴的藏傳佛教密典回到重慶。同年，由蔣介石任命，再度返回西藏，擔任國立拉薩小學校長，對西藏地區的學校教育有不可抹滅的貢獻與建樹。一九五九年應華盛頓大學之邀，赴美國教授藏傳佛教文化，備受尊崇，此後便以專家身分參與美國聯邦政府的工作，直至退休。目前定居於美國洛杉磯。