1967年生於香港。香港大學比較文學系碩士。現專職寫作，寫作生涯接近三十年。1994年即以〈安卓珍尼〉獲聯合文學小說新人獎中篇小說首獎、〈少年神農〉獲同屆短篇小說推薦獎，令當時從未懷疑過這兩篇皆出自「同一人」之手的評審們為之讚嘆。他的寫作從虛擬到現實，似真似幻，卻又寫入家庭、妻子與兒子，並以自身的寫作語言回應世界。「精神史三部曲」、「自然史三部曲」為其著名系列。其《體育時期》改編成舞台劇，並售出國外電影版權；《地圖集》也已翻譯成多國語言。近年於長篇小說創作大有突破，從《愛妻》再到《後人間喜劇》，拓展更加貼近大眾的寫作路線。

2006年《天工開物‧栩栩如真》榮獲第一屆紅樓夢獎決審團獎。
2008年再以《時間繁史‧啞瓷之光》榮獲第二屆紅樓夢獎決審團獎。
2013年《地圖集》獲國際「科幻&奇幻翻譯獎」（Science Fiction & Fantasy Translation Awards）長篇小說獎。
2014年被選為香港書展年度作家。
2019年《愛妻》獲台北國際書展大獎；2020年此作令他三度獲紅樓夢獎決審團獎。

著有《安卓珍尼：一個不存在的物種的進化史》、《地圖集：一個想像的城市的考古學》、《體育時期》、《天工開物‧栩栩如真》、《時間繁史‧啞瓷之光》、《夢華錄》、《繁勝錄》、《博物誌》、《名字的玫瑰：董啟章中短篇小說集Ⅰ》、《心》、《神》、《愛妻》、《後人間喜劇》等多部短篇集、長篇小說及各類文集。