該會以發展中藥事業、促進國民健康、協調同業關係、增進共同利益為宗旨。
1986年11月14日正式創立，迄今20年，下轄全省23縣市中藥公會，擁有一萬二千家中藥行會員，為衛生福利部與地方公會、各中藥行溝通的重要橋樑，近年來積極推動中藥房現代化。