一九七一年出身，擔任過舞台美術、平面設計，任職軟體開發公司時，開始撰寫小說。動筆契機源於東北大地震，憂慮當時媒體針對核能相關的新聞，充斥缺乏科學根據的報導，進而打擊人們對科技的信心，他得出「寫作」這個答案。

藤井運用工作閒暇撰稿，為作品架設網站及製作電子書，在二〇一二年發表《Gene Mapper》。一推出即史無前例地以個人出版身分，擠下伊藤計劃《虐殺器官》及沖方丁《天地明察》，獲日本亞馬遜文學銷售榜首。二〇一三年，他將本作改稿後在早川書房出版，正式作為專職作家出道。本作佳評如潮，入圍日本SF大獎。二〇一四年，他發表長篇《軌道之雲》，奪得日本SF大獎、日本星雲獎、「Best SF 2014」第一名，並受邀前往美國世界SF大會，亦在同年成為日本SF俱樂部會長。藤井太洋是日本當今文壇的閃亮新星，更是背負日本科幻小說界未來的重要作家。