1969年生，台南人。因為受到軍中同袍的影響，工專畢業的他一腳踏進了電影圈。1993年至2002年間參與多部電影和電視製作，同時開始提筆寫劇本，1994年完成的《賣冰的兒子》獲得新聞局優良電影劇本獎，也因此開始執導多部影片，其中1999年的《七月天》參加了加拿大溫哥華影展並獲得龍虎獎特別獎。那段期間參與的電影作品包括了日本導演林海象的《海鬼燈》、楊德昌導演執導的《麻將》、以及擔任陳國富執導的《雙瞳》策劃兼副導演。



2000年，完成講述霧社事件始末的劇本《賽德克．巴萊》，並再度獲得新聞局優良電影劇本獎的肯定。由於太太一句話的鼓勵，在2004年，不惜斥資兩百萬拍攝《賽德克．巴萊》五分鐘試拍片，這部影片在網路上廣為流傳。



2008年，執導的《海角七號》在觀眾口碑的帶動下，以票房五億三千萬的成績，成為台灣電影史上最賣座的台灣電影，除了獲得當年金馬獎年度台灣傑出電影、觀眾票選最佳影片、最佳男配角等多項大獎，更在夏威夷、日本海洋等國際影展上勇奪首獎。



他籌畫多年的史詩鉅片《賽德克．巴萊》，在歷經重重難關之後，終於完成，於2011年9月上映。創下全臺破8億票房，改寫臺灣票房新紀錄，該片同時獲第48屆金馬獎最佳影片、觀眾票選最佳影片等大獎，並獲第12屆華語傳媒大獎最佳影片。
《KANO》是魏德聖轉任監製的首部電影，由馬志翔導演，於2014年2月27日上映。同年9月25日再戰首輪，創下臺灣電影史上的新紀錄。